En la Década de 1950-1960 llegaron las religiosas siervas de San José, fundación Española y quienes se encargaron de los niños desde kinder hasta tercero de primaria. En 1954 el Colegio recibió los santos restos de San Pedro Claver, Jesuita Español que trabajó 40 años con los Esclavos negros en la Ciudad de Cartagena. Este Santo había sido estudiante de Filosofía y Teología en el San Bartolomé colonial y su cuerpo fue llevado en peregrinación por todas las ciudades donde los Jesuitas tienen Instituciones

Educativas. Fue Prefecto del Colegio el Padre Hernán Mejía de 1953-1958.

 

Igualmente los años 1951-1952-1953, San Bartolomé ocupó el primer puesto entre los más de 40 Colegios de la Ciudad que participaron en los juegos inter-colegiados. Se celebró el IV centenario de la muerte de San Ignacio de Loyola, fundador de la Compañía de Jesús. En 1955 hasta el año 62 ejerce como Rector el Padre Fernando Barón y durante dos años, es Prefecto el Padre Alfonso Borrero Cabal, más tarde Decano de Arquitectura y Rector de la Universidad Javeriana. En este tiempo se construye el edificio llamado de Infantiles, donde actualmente está el Pre-Escolar del Colegio. Los Arquitectos suprimieron las escaleras en lo posible obteniendo en la construcción, una iluminación y ventilación en los salones que aún hoy es digna de admiración.

 

De 1962-1967 fue nombrado Rector el Bartolino Padre Alfonso Quintana con su experiencia pedagógica inicia las pruebas Psicométricas para la Admisión de Alumnos del colegio. Se nombró un Psicólogo Escolar para la orientación profesional de los alumnos y asistencia a los docentes y ayuda a los padres de familia. También se inició la enseñanza del inglés en un laboratorio Electrónico y se reorganizaron los laboratorios de física, química y la biblioteca del Colegio.

 

El Colegio tuvo una gran Coral dirigida por el Padre Juan José Briceño que participó Nacional e Internacionalmente en muchos eventos. En 1965 se dio comienzo a la sección nocturna del Colegio con una proyección social que ayudó mucho a jóvenes muchachos y muchachas que trabajaban durante el día.

 

En 1966, el Colegio terminó el tradicional internado que recibió durante muchos años jóvenes de fuera de Bogotá; especialmente de la Costa Atlántica, de Nariño, Boyacá, los Santanderes, Tolima, Huila, Valle, Caldas y Antioquia.

 

La Asociación de Antiguos Alumnos, que siempre fue parte del Colegio, recibió un gran impulso de parte de los Padres Barón y Quintana. Se celebró en Bogotá un Congreso Latinoamericano de Ex Alumnos de toda nuestra América Latina y en 1962 se condecoraron los dos únicos bachilleres vivos Bartolinos de la promoción de 1891, los señores Ignacio y Mariano Sanz de Santa María. También Asia emprendió obras sociales con dos escuelas: una en la finca de la Esperanza y la otra en la parte alta del Colegio, al lado del barrio la Perseverancia. Se suprimieron las clases académicas los días sábados y se dedicó ese tiempo a fomentar actividades culturales y deportivas.

 

Durante dos años fue Rector el Padre Juan Miguel Silva y continúo como Prefecto el Padre Jaime León. El Colegio participó activamente en el Congreso Eucarístico de 1968 cuando Colombia recibió la primera visita de un Papa, Pablo VI. En el Colegio se hospedaron muchos Jesuitas que vinieron con motivo del Congreso Eucarístico; se remodeló la Capilla y el Colegio recibió la donación de una réplica de la imagen de la Virgen de Fátima que trajeron en Avión expreso desde Portugal los devotos de la Virgen de Estados Unidos. Es la imagen que da nombre a la Capilla de Fátima en el segundo piso del edificio de entrada al Colegio. Termina esa Década con el nombramiento a principios de 1969 del Padre Hernán Umaña como Rector. Se crea el cargo de Director de Estudios en la persona del P. Donaldo Ortiz quien acababa de terminar su Especialización en Educación en los Estados Unidos. También el P. Luis Guillermo Vélez fue prefecto durante 6 meses y lo sucedió por primera vez un laico, el Dr. Luis Oscar Hoyos, abogado y excelente profesor de Ciencias Sociales.

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Durante los siguientes años se realizan una serie de cambios Administrativos como abolir las divisiones y encargar cada sección de cada curso a un profesor como sub-prefecto. Se pavimenta el patio de arena y lo que fuera la segunda división se adecua para Sede Social, salón para variados tipos de reuniones y con la posterior ampliación con capacidad para 400 personas. Se organiza la Asociación de Padres de Familia, eligiendo la primera Junta y elaborando los Estatutos de la misma. También con colaboración de los Padres de Familia, muchos de ellos antiguos Alumnos, se da inicio al Servicio de Salud Bartolino con Examen médico de cada alumno una o dos veces al año. Su director fue el Médico Dr. Efrain Solarte.

 

Se organiza igualmente el comité Procoliseo conformado por eminentes Arquitectos, Ingenieros, Economistas y Padres de Familia Interesados en la Construcción de este edificio que se inició a principios de Julio de 1971 y fue inaugurado en 1973 en la sesión solemne del 24 de Noviembre, con la Asistencia del Presidente de la República, Misael Pastrana Borrero; el Ministro de Obras Públicas, Argelino Durán Quintero; Gerardo Silva Valderrama, Ministro de Minas, pues los hijos de estos se graduaron de Bachilleres ese año. Pronunció el discurso de grado el Alcalde de Bogotá Bartolino de 1951 Aníbal Fernández de Soto. Igualmente asistió el Expresidente Alberto Lleras Camargo cuyo nieto se graduó también en esa fecha.

 

En 1970 se comenzó la Implantación, junto con otros Colegios Jesuitas de Colombia, de la Educación Personalizada. Pedagogía activa en la que se respeta y entiende a la persona humana en el desarrollo de su entendimiento y potencialidades. Fue un sistema adoptado por muchos Colegios de Colombia. También en esa Época el Alcalde de Bogotá con donación de parte del Colegio del terreno para ello, construye la Calle 33 qué separó definitivamente el terreno del Colegio del Barrio la Perseverancia.

 

En Febrero de 1970 fue nombrado rector el P. Jesús María Caycedo, quien ejerció su cargo hasta Junio de 1974. Los dos Colegios Mayor y la Merced realizaron el primer Festival de Arte y Folclor de los Colegios Jesuitas en Colombia. Asistieron cerca de 5.000 personas a estos eventos. También inició el rectorado del P. Jorge Caicedo. Durante 4 meses fue rector el P. Roberto Caro Mendoza. A principio de 1978 se inauguró la Biblioteca del Colegio construida por el Arquitecto Hernando Santamaría y con los cálculos Estructurales del Ingeniero Carlos D´Terlizzi, los dos bachilleres Bartolinos, en lo que fue la Capilla de la Merced. Hoy llamada Biblioteca San Pedro Claver. Todas estas obras, junto con las 4 nuevas canchas de Basquetbol y abajo del coliseo la Carretera interna del Colegio, la gradería del Patio central, el quinto piso sobre el área Sur del Colegio fueron realizadas desde 1969 hasta finales de 1977. Del año 71 al 80 se continuó fortaleciendo la educación personalizada y entra como rector del Colegio el P. Álvaro González, hasta 1983.

 

Lo sigue él P. Álvaro Vélez quien inició en 1983 hasta el Julio de 1989 y que construye el actual edificio de primaria. En 1989 el P. Darío Chavarriaga ejerce como Rector hasta 1992. A este lo sucede el P. Héctor López hasta 1996. Después lo sucede como Rector el P. Joaquín Sánchez hasta 1999. Recuerdan los antiguos alumnos, los bellos vitrales de la capilla de Fátima, obra del padre Juaco. También la salida pedagógica al Amazonas en compañía del P. Jose Alberto Mesa, director Académico y del hermano Honorio Betancourt, el gran Jesuita que Prepara todos los años a los niños y niñas de la primera comunión. En 1999 llega como rector el muy recordado P. Oscar Mejía. El Presidente Andrés Pastrana y su canciller Guillermo Fernández de Soto otorgan al Colegio la Cruz de Plata de Boyacá y condecoran al P. Donaldo Ortiz con la medalla de Honor al Mérito. Se inaugura el Polideportivo P. Rafael María Granados, arriba de las canchas de Fútbol.