En el 2004 llega como Rector el P. Julio Jiménez a quien recordamos por su “inseparable acordeón” y su gran sentido social. Sigue el P. Carlos Eduardo Correa quien inició el 13 de Julio de 2009 y organizó la celebración de los 70 años del Colegio, evento inolvidable. Le sucede desde el 26 de Agosto del 2014 el actual rector P. Juan Pablo González, bachiller Bartolino de 1982. Durante estos últimos 6 años fue Provincial de Colombia el P. Francisco de Roux a quien le sucede como actual Provincial el P. Carlos Eduardo Correa. En los Colegios de la Compañía, se establece lo que hoy llamamos ACODESI, organización que reúne a todos los Colegio Jesuíticos de Colombia y que unificó el proyecto Educativo con Calendario Principalmente B y Coeducación. El asistente del Provincial para los Colegios de la Compañía de Jesús, P. Carlos Vasquez Posada, inicia en colaboración con los Rectores el documento que describe las metas de los Colegios, las Características de la Educación Jesuítica y fortalece las nuevas formas pedagógicas de la moderna Educación en Colombia. Disminuye el número de Jesuitas en Colombia lo que es muy lamentado por los Padres de Familia del Colegio, pero que ha creado la necesidad de la formación Ignaciana en los Profesores. La formación de Líderes entre los Alumnos, el incremento de los Campamentos Misión, los talleres de Formación Integral y los Ejercicios Espirituales de San Ignacio de Loyola. Fallecen dos hermanos muy queridos en la historia del Colegio: El Hermano Matías Cabezas (+ 1983), quien fue toda su vida Jefe de Mantenimiento y conocedor como ninguno de las conexiones Hidráulicas y Eléctricas del Colegio y Jefe de todos los empleados de Servicios. Igualmente el hermano José Raimundo Becerra (+ 1985), muere en la Enfermería de Medellín dejando entre sus antiguos Alumnos el grato recuerdo como profesor de Matemáticas y a quien llamaban cariñosamente “Chicho”. En 1986 se elige como directora de estudios por primera vez a la Dr. Elsa Cristina Acuña de Rodriguez. El 18 de Febrero de 1988 fallece el muy querido y recordado P. Rafael María Granados, profesor de Historia y Geografía, autor de varios textos escolares y a quien todos recuerdan como “Granaditos”.
En todos estos años se establece la Fundación de Solidaridad Bartolina Funsolba para ayudar al nocturno del Colegio y hacer préstamos a profesores y empleados que lo necesiten.
Igualmente en 1987 se inició el uso del actual uniforme que visten los Bartolinos diariamente: camisa blanca, pantalón, medias grises, saco color “pimentón” (rojo quemado) y zapatos negros de cuero.
Correspondió al año 1985 la demolición de la “Casa Vieja” o “Quinta” y en el sitio que estaba construida, se levantó el edificio nuevo para la primaria del Colegio.
En 1990 se inauguró el salón de Informática y el Colegio fue honrado con la visita del P. General de la Compañía de Jesús, P. Peter- Hans Kolvenbach. Fue muy famoso en el Colegio el Prefecto Profesor Olinto Ramón Rico a quien recuerdan mucho los Exalumnos del San Bartolomé y quien se retiró del Colegio el 17 de Abril del 2007.
Es bueno recordar en la Historia de San Bartolomé, la creación por la Asociación de Padres de Familia, Asobartolina, del restaurante Escolar en las Instalaciones del Coliseo del Colegio en 1974 y que más tarde ha ido creciendo como un excelente Servicio para todos los alumnos, profesores y empleados del Colegio y que ha contado con el apoyo total de todas las familias Bartolinas hasta el presente año.
Es bueno igualmente recordar a los Prefectos del Colegio empezando por el P. Fernando Barón, 1941-1944; P. Jesús Sanín, 1944-1945; P. Gabriel Giraldo, 1945-1948; P. Célico Caicedo, 1948-1949; P. Alfonso García, 1949-1953; P. Hernán Mejía, 1953-1959; P. Alfonso Borrero, 1959-1960; P. Jaime León, 1961-1969.
A partir de 1969 se establece el cargo de Director Académico, iniciando con el P. Donaldo Ortiz de Enero 1969 a Diciembre de 1977; de esta fecha hasta 1983 el P. Darío Chavarriaga y medio año del 83 el P. Francisco Lora y del año 1984-1986 el P. Jaime Ortiz. Los siguientes Directores Académicos fueron: desde 1986 Elsa Cristina Acuña de Rodriguez, Gilberto Useche, P. Pedro Nel Meza, P. José Alberto Mesa, P. Jose Guillermo Martínez, P. Juan Bautista Bernal, P. Enrique Gutierrez, finalmente Juanita Afanador y la actual Claudia Sierra.
En el año 2015 se inició la remodelación antisísmica del Viejo edificio del Colegio. Principiando por el Bloque de Entrada que es el más alto y que ha sido declarado Patrimonio Urbanístico de Bogotá.